Milanković se bavio ključnim pitanjima vezanim uz svemir i ljudsko postojanje, proučavajući Sunce i led, čiji međusobni odnosi određuju pojavu i opstanak života u svemiru. U skromnim uvjetima, koristeći papir i olovku, matematički je objasnio uzroke, nastanak i trajanje ledenih doba na Zemlji, dokazao povezanost između nebeske mehanike i klime na Zemlji te postavio teoriju pomaka sjevernog Zemljinog pola.
Najznačajnija Milankovićeva djela uključuju O primjeni matematičke teorije sprovođenja toplote na probleme kozmičke fizike i Kanon osunčavanja Zemlje i njegova primjena na problem ledenih doba. Milanković je također ostavio značajan književni doprinos. Njegova knjiga popularne znanosti Kroz vasionu i vekove smatra se jednom od najboljih u svom žanru, kao i njegovi troknjižni memoari Uspomene, doživljaji i saznanja, gdje su sjećanja na rodnu kuću, Dalj i njegovu okolinu opisana izuzetnim lirskim tonovima.
Milanković je tvorac najpreciznijeg kalendara do tada, s kalendarskom godinom koja je samo 2 sekunde dulja od sadašnje tropske godine. Njegov kalendar zahtijevao bi korekciju tek za 28.000 godina. Iako je kalendar službeno prihvaćen na Vaseljenskom saboru u Carigradu 1923. godine, nikada nije primijenjen u praksi.
Kao vizionar, Milanković nije doživio potpuno priznanje svojih teorija sve do 1976. godine, kada su empirijska istraživanja potvrdila točnost njegovih teorija, nakon čega je njegov ugled u svjetskoj znanosti dramatično porastao.
Njegovo monumentalno djelo Kanon osunčavanja i njegova primjena na problem ledenih doba smatra se jednim od najznačajnijih znanstvenih djela 20. stoljeća. Milutina Milankovića svjetska znanost svrstala je među pet najvećih znanstvenika 20. stoljeća, a NASA ga je uvrstila među 15 najvećih znanstvenika svih vremena koji su proučavali planetu Zemlju.
U čast Milankovića nazvana su jedan krater na Mjesecu, jedan na Marsu i jedan planetoid. Buduća ekspedicija na Mars nosit će Milankovićevo ime. UNESCO je 2009. proglasio godinu Milankovića povodom 130. godišnjice njegova rođenja. Održavaju se međunarodni znanstveni simpoziji posvećeni Milankoviću, a njegovo djelo ostaje trajno aktualno u kontekstu globalnih promjena klime na Zemlji.